约有70%~80%的原发性HLH发生在1岁以内，尤其是1~6个月，可也见于青春期及成年人，无明显性别差异。该病具有异质性，临床表现多样并缺乏特异性，主要与高炎症因子血症和脏器受累相关。

几乎所有的原发性HLH患儿临床上均有发热，常>38.5℃，热型波动，可持续数天至数十天，无特异性。

淋巴细胞或组织细胞浸润导致肝、脾、淋巴结肿大，脾大最常见（95%），其次为肝肿大（94%）。

表现为血细胞二系或三系减低，包括血红蛋白<90g/L（新生儿<100g/L），血小板<100×10 ⁹/L，中性粒细胞<1×10 ⁹/L。

HLH患儿由于纤溶亢进引起纤维蛋白原下降和血小板减低，常伴有出血，通常常发生在皮肤和黏膜，引起瘀点、瘀斑，也可以发生鼻出血，可发生穿刺部位瘀斑、渗血或血肿，以及消化道出血、血尿，甚至中枢神经系统出血。

发生率6%~65%，表现多样化，可为全身斑丘疹、红斑、水肿、麻疹样皮疹、脂膜炎等。

许多HLH患儿可发生中枢神经系统症状（30%~76%），包括意识下降、抽搐、昏迷、易激惹、脑神经麻痹、精神运动阻滞、共济失调、肌张力下降、假性脑膜炎等。小婴儿常表现为烦躁易激惹、抽搐、前囟张力升高、颈项强直、肌张力减低或亢进等。疾病晚期常出现脑神经麻痹（常见于第6和第7对脑神经）、共济失调、四肢麻痹、偏瘫、失明、昏迷等，中枢神经系统受累是影响预后的一个重要因素之一。

需要注意的是，初诊时患儿往往没有以上所有表现，个别FHL-2型患儿血液系统症状不明显，主要表现为难以控制的脑白质病变就诊于神经科，通过基因检查最终明确诊断，因此密切观察随诊，定期复查相关指标，及时诊断尤为重要。否则，2015年有报道显示未经及时诊断和及早治疗的原发性HLH预后严重不良，评估生存率不超过10%。